Het orgel uit de Bethelkapel werd meegenomen naar de Bethelkerk en kreeg een plekje op de galerij. In 1969 kon een nieuw orgel in gebruik worden genomen,
gebouwd door de firma D.A. Flentrop. Simon C. Jansen trad hierbij op als adviseur.
Het orgel verkeert nog in oorspronkelijke staat. In 2000 werd het orgel iets dichter bij het liturgisch centrum geplaatst.
| Dispositie van het Flentrop-orgel (1969): | |||
| Hoofdwerk: | Borstwerk: | Pedaal: | Werktuiglijke registers: |
| Holpijp 8' | Gedekt 8' | Subbas 16' | Koppel Hoofdwerk-Borstwerk |
| Prestant 4' | Roerfluit 4' | Bourdon 8' | Koppel Pedaal-Hoofdwerk |
| Gedekte Fluit 4' | Prestant 2' | Koppel Pedaal-Borstwerk | |
| Gemshoorn 2' | Quint 1 1/3' | Tremulant Borstwerk | |
| Gemshoorn 2' | Regaal 8' | ||
| Mixtuur IV sterk | |||
| Sesquialter II sterk (vanaf g) | |||